臺灣的現代化醫療起始於1865年傳教士馬雅各醫師在臺南府城開設醫館，從事醫療宣教。到了1881年慕德醫院成立，並且附設醫學課程，是臺灣最早的西式醫院及醫學校。直到日治時期（1895年~1945年），現代化西方醫療制度首次經由政府的力量系統性地引進臺灣，臺灣總督府醫學校於1899年成立，並且經過幾個階段的變遷，臺灣醫療發展及醫學教育制度不斷精進成熟，更成為推動臺灣醫學及公共衛生發展的重要基石。臺灣醫學的發展正好與臺灣主體性的建構並進，歷經百年以上的發展，臺灣醫界累積豐富的歷史文化資產，成為建構臺灣文化非常重要的一環。
「臺灣醫療史料文物中心」（Taiwan Medical Museum）於2003年1月30日在高雄市揭幕啟用，時任衛生署署長涂醒哲、高雄市長謝長廷及高雄市政府衛生局長陳永興等人應邀剪綵。「臺灣醫療史料文物中心」是全臺灣第一座對臺灣醫療史進行研究、推廣的主題博物館，當時的主題展一樓為「醫療傳奇人物」與「慕德故事館」，並設有多媒體簡報室，不定期舉辦醫療相關推廣課程，二樓為「傳統與現代醫療展廳」，三樓則為醫療分科與「福爾摩沙特展廳」。這座主題博物館是站在全臺灣的高點，省思醫療人文教育與社會關懷，由高雄市政府衛生局特別推動設立的醫療史博物館。
2004年7月，高雄市政府衛生局將「臺灣醫療史料文物中心」委託財團法人台杏文教基金會經營管理，確定醫療史料文物中心朝向「公辦民營中小型博物館之特色建立與經營」的路線發展。根據陳順勝教授等人於2009年6月在《科技博物》所發表的研究，《公辦民營中小型博物館之特色建立與經營：以台灣醫療史料文物中心為例》（The Professional and Humanity Characteristics and Operation Model of the Operate-and-Transfer Museums: Taking Taiwan Medical Museum as...
