蔡英文的副手人選確定由中研院副院長陳建仁出任,他現年64歲,美國約翰霍普金斯大學(Johns Hopkins University)公共衛生學院流行病學博士,臺灣高雄市旗山區人,是臺灣流行病學、公衛領域專家,也是國際知名的研究地下水砷含量與多重健康危害的關係,也是中央研究院第一位公共衛生背景的院士。他在SARS肆虐期間,於2003年5月接任行政院衛生署署長。2006年1月出任行政院國科會主任委員,2011年10月擔任中央研究院副院長。
陳建仁的父親是前高雄縣長也高雄白派大老陳新安,其弟是國際同步輻射權威學者陳建德,兄弟二人都是中央研究院院士。
在台灣SARS期間,陳建仁與前衛生署長李明亮及疾病管制局局長蘇益仁是抗煞鐵三角合力將疫情穩住,稍後陳建仁接任衛生署長,他也是台灣第一位不具醫師背景的衛生署長。在擔任署長期間,扭轉公衛體系「重醫療輕預防」是他重要的施政目標。
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